政治學系
為發展綜合大學之目標，本校於民國88年9月向教育部提出設立政治學系申請，並於次年獲教育部審議通過，國立成功大學政治學系（以下簡稱本系）乃於民國90年正式成立，並於該學年度招收第一屆學士班學生，至今已邁入第16年。本系師資團隊共共16名，其中大部份具備美、英、德及法等不同國家學術重鎮之博士學位，且皆學有專精。
本系為南台灣重要之政治學領域研究與教學中心，同時也努力建立學術領域教學與研究之特色及跨領域整合。依照本系屬性並配合本校教育方針，訂有「通才教育」、「周延訓練」、「國際視野」及「社會關懷」等四大目標，在所有教師暨歷屆系主任的積極投入下，積極爭取資源，並戮力於提昇本系教學研究環境，強化師生教學研究支援效能。
經濟學系
經濟系成立於2001年，2006年開始招收碩士班學生。經濟系目前擁有十三位師資，皆具博士學位。2016 QS Ranking對全球大學經濟系排名，本系全球排名是介於200—300名之間，顯示我們的學術聲譽在國際上是受到相當的肯定。經濟系致力培養學生成為財經的專業人才，更期許我們學生對當前經濟、與國際金融具有獨立思考、與批判的能力。經濟系教師年輕化，與學生溝通相當順暢，並以同理心支持學生的想法與活動；教師教學相當地熱忱，並且充滿活力，教學品質總是獲得學生肯定。經濟系也積極提升國際交流，以達成本系邁向國際一流學術之系所，本系近期努力與國外學校經濟系簽訂MOU，強化實質交流互動，藉由創造本系更多元的國際合作機會，期許有效提升本系學術之潛力。
法律學系
法律學研究所奉准於84學年度籌備，自85學年度起正式招生；法律學系學士班於92學年度正式成立;後為因應國家及本校培養科際整合法律人才之發展及需求，於93學年度成立科技法律研究所; 95學年度成立法律學系博士班。本系所一方面要厚植學理基礎之基本養成，另一方面為使本系所學生能真正學以致用，本系所設有法律服務社，為本校師生與社會大眾提供法律諮詢服務，深入民間，並就近與高等法院台南分院、台南地方法院、律師公會等實務界及企業界保持密切之教學研究合作，期達成理論與實務兼具之目標;並將以學生、教師與本系為三大核心，致力於共同成長與發展。
※ 科技法律研究所於 100 學年度併入法律學系。
心理學系
社會科學院民國94年5月規劃成立認知科學研究所。經過兩年多教師同仁的努力，終於獲得學校的同意，勻撥六名師資員額，並經報教育部獲准於民國95年8月對外招收碩士班學生。心理學系亦在認知科學研究所教師同仁協助規劃下獲教育部通過，於民國97年8月正式對外招收學士班學生。於民國100年8月教育部核准通過認知科學研究所與心理學系合併，組織包含心理學系學士班、認知科學碩士班碩士班，更於民國103年9月變更組織為心理學系學士班、碩士班。心理學系目前擁有12位師資，皆具博士學位。碩士班至民國105年8月為止，已招收10屆學生180餘人；學士班至民國105年8月為止，已招收8屆學生450餘人。心理學系以結合社會、人文、醫學、工程的跨學科教學與研究為其創建與發展特色，冀望培養基礎研究、生活應用及身心靈健康等之跨領域人才。
政治經濟學研究所(107學年度起與政治學系整併)
政治經濟學研究所是本校第一個以社會科學為重心的教學及研究單位，於民國82年正式成立碩士班並對外招生。本所的教學宗旨在於：（一）培養跨越政、經兩大領域、結合理論與實務、並具廣闊視野的專才，為國家的生存和發展，提供新一代的生力軍。（二）針對台灣內部和週邊亞太國家的政經形勢和相關問題，進行持續和深入的分析及研究，以期攀登學術高峰。此外，為提供各界有志者進修之機會，自89學年度起招收碩士在職專班研究生，結合理論與實務，擴大與各界的互動，以配合社科院之整體發展。更於93學年度開始招收博士生。迄今為止，已招收學生逾600人，其中完成學位者逾500人。107學年度起與政治學系整併，朝一系多所的規模穩定發展。
教育研究所
本所奉准於84學年度籌備，自85學年度起正式招生，並兼辦教育學程教學與輔導工作，培育許多中學老師及教育行政人員，在研究上更有亮麗的表現。後為因應國家及本校培養教育人才之發展及需求，於95學年度成立博士班。本所以教育理論及教育實務經驗，培育教育學者、教育專業人員及輔導人員為宗旨，發展重點分為「教學與評鑑」和「心理與輔導」兩大項，目標培養主導教育革新的學者，養成專精的教育、輔導與研究專業人員。另重視理論、實務與研究方法學的訓練，使學生學有專精，並培訓學生學習上之互動及合作，養成重思辨、反省及獨立研究之能力，以矢志從事未來教育為己責之優質教育工作者，並致力於教育學領域的學術研究，以研究結果積極建議促進教育改革。
法律服務社
成立於民國八十七年三月，由法律學系負責，目的在於提供南台灣地區公私機構和百姓有關法律問題方面之協助及服務。
※ 本服務社隸屬法律系之業務範疇。
教育學程
設立於民國八十四年，由教育研究所負責。目前教育學程一個年級開設三班，每班 50 名學生皆經嚴格甄試，錄取大學部各系學生 100 名及研究所（碩、博士）學生 50 名。93 學年下學期含延畢生計有 460 位尚在修習。教育學程之目的在於提供本校準備從事中等學校教職工作的學生，取得教育專業的知識及訓練。截至 2005 年 7 月底止，共培育出 770 餘名的合格教師。配合教育部規定，本校於 93 學年度成立之「師資培育中心」直屬教務處，惟相關業務仍由教育所支援辦理。
※ 本學程隸屬教務處之業務範疇。
心智影像研究中心（編制外）
當代人權暨全球永續發展研究中心
心智影像研究中心
大數據與AI研究中心